История начинается на борту USS Shark - исследовательской подводной лодки, изучающей глубины Атлантического океана. Команда обнаружила огромный металлический объект. Стоит ли проводить подробный осмотр? Один молодой исследователь на свой страх и риск пришвартовывается к загадочному предмету, который оказывается подводной лодкой диковинной конструкции.

За этого ученого вам и предстоит играть. "Наутилус", судно знаменитого капитана Немо, станет для вас одновременно и тюрьмой, и сокровищницей, и неиссякаемым источником открытий. Комнаты покинутого командой судна хранят немало головоломок, неприметных, но важных деталей и ключей к вопросам, ответы на которые были утеряны сто с лишним лет назад.

Постепенно "Тайна "Наутилуса" начинает оживать. Один за другим из небытия восстают фрагменты древней истории, пока наконец она не становится единственной возможной реальностью.